CMSやブログソフトのインストールで公開領域（ドキュメントデレクトリ）と非公開領域のへのファイルのアップと言う設定がある。
これはセキュリティの関係でアクセスされたくないファイルを置くデレクトリを非公開領域と言います。
通常FTPでファイルをUPする時ははpublic_htmlとかWWWとかサーバー指定のデレクトリにファイルをUPします。
これは普通に利用する公開デレクトリになります。
サーバーにも寄りますが通常home/ユーザー名/public_htmlとかWWW/
そのpublic_htmlとWWWと同じデレクトリに非公開デレクトリを作成してファイルを入れます。
ホームページにアクセスした場合のデレクトリはpublic_htmlとWWWになるので見えない。

home/usr_dir/public_html/一般ファイル設置デレクトリ[公開デレクトリ]
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　　　　　　　　privete/見せたくないファイルの設置[非公開デレクトリ]

もしサーバーにより非公開領域にファイルを置けない場合はpublic_htmlとかWWW以下にprivete/を置かなければならない場合 .htpaswordなどでアクセス出来ないよう制限をします。